二手巴氏杀菌机是现在普遍运用于食品范畴的消毒设备，可是运用巴氏消毒法，不应该时间过长，过长会造成营养物质的损失，得失相当，还会提高生产价格，因此要严厉控制巴氏消毒的时间，以便于获得最好的杀菌效果和最大化的经济效益，让产品有着更大的竞争力。
巴氏杀菌是运用低于100摄氏度热，如果用摄氏100度的消毒方法，则原奶中的生物活性物质将被毁坏，并且原奶中的维生素、蛋白质等也是有损失。
现用的巴氏杀菌方法普通有的力热杀灭微生物的消毒方法，由德国微生物学家巴斯德于1863年创造，至今国内外仍普遍运用于牛奶、人乳及婴儿合成食物的消毒。
新颖原奶中的生物活性物质非常怕两种：一是加热到61.1～65.6摄氏度中间，30分钟；二是加热到71.7摄氏度，至少坚持15秒钟。
时间过长可以杀死更多细菌，可是在二手巴氏杀菌机巴氏杀菌的条件下曾经充分把其中的有害病原菌杀死了，因此没有必要延长杀菌时间，此外杀菌时间过长会造成牛奶或食物中的营养成分被毁坏，这在销售上是非常不利的。特别在奶制品中，时间过长会造成蛋白质变性，对人体有利因子损失，最后会得失相当的；在工厂的大范围消费中时间过长更会增加能耗，使本钱进步，利润减少。
因此没有必要延长二手巴氏杀菌机的消毒时间，巴氏杀菌消毒时间过长，反倒会毁坏其应该有的价值。
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